۱- بكرزائي: در قرآن به اين مطلب در چند مورد تصريح شده كه مريم مادر عيسي باكره بوده و بشري به عنوان همسري با او برخورد ننموده است، در سوره آل عمران آيه۴۷ ميفرمايد:

قَالَتْ رَبِّ أَنَّى يَكُونُ لِي وَلَدٌ وَلَمْ يَمْسَسْنِي بَشَرٌ قَالَ كَذَلِكِ اللّهُ يَخْلُقُ مَا يَشَاء إِذَا قَضَى أَمْرًا فَإِنَّمَا يَقُولُ لَهُ كُن فَيَكُونُ
( گفت چگونه براي من فرزندي بوجود آيد و حال آنكه بشري با من هم بستري ننموده است.)
و در سوره مريم آيه۲۰ ميفرمايد:
قَالَتْ أَنَّى يَكُونُ لِي غُلَامٌ وَلَمْ يَمْسَسْنِي بَشَرٌ وَلَمْ أَكُ بَغِيًّا
(گفت چگونه براي من فرزند باشد و حال آنكه بشري با من تماس نگرفته و بد كاره هم نبوده ام.)
و در سوره تحريم آيه۱۲ ميفرمايد:
وَمَرْيَمَ ابْنَتَ عِمْرَانَ الَّتِي أَحْصَنَتْ فَرْجَهَا فَنَفَخْنَا فِيهِ مِن رُّوحِنَا وَصَدَّقَتْ بِكَلِمَاتِ رَبِّهَا وَكُتُبِهِ وَكَانَتْ مِنَ الْقَانِتِينَ
( و مريم دختر عمران كه دامنش را نگاهداري نمود و ما از روح خود در آن دميديم.)
و در همه جا از عيسي كه نام مي برد او را به مادرش نسبت ميدهد مانند " ذلك عيسي بن مريم " (مريم۳۵) و امثال آن كه متجاوز از۱۵ مورد مي باشد و حامله شدن مريم را بواسطه دمیده شدن روح به وسيله فرستاده خدا ذكر ميكند و چنانچه در آيه۱۲ سوره تحريم و در آيه۹۱ سوره انبياء بيان فرموده است .

و در اينكه حامله شدن مريم بواسطه نفخ روح وتولد مسيح امر خارق عادت بوده شكي نيست ولي امر محالي نبوده زيرا از نظر اديان و كتب آسماني نمونه بارزتر داشته و آن خلقت حضرت آدم بدون پدر و مادر بوده است و از اين جهت خداوند خلقت حضرت مسيح را تشبيه به خلقت حضرت آدم مي نمايد.
علاوه بر اينكه بكرزائي از نظر علم امكانش ثابت شده و در صورتيكه شرايط آن موجود شود اشكالي ندارد.
۲- كلمة الله: كلمه بحسب لغت لفظ واحدي است كه داراي معني باشد و يا جمله اي است كه مفيد باشد و بحسب اصطلاح قرآن هر چيزي است كه مراد حق تعالي بواسطه آن ظاهر شود و از اين جهت از همه موجودات در قرآن كريم به كلمات الله تعبير شده است ميفرمايد:
وَلَوْ أَنَّمَا فِي الْأَرْضِ مِن شَجَرَةٍ أَقْلَامٌ وَالْبَحْرُ يَمُدُّهُ مِن بَعْدِهِ سَبْعَةُ أَبْحُرٍ مَّا نَفِدَتْ كَلِمَاتُ اللَّهِ إِنَّ اللَّهَ عَزِيزٌ حَكِيمٌ
و اگر همه درختان روى زمين قلم شود، و دريا براى آن مرکّب گردد، و هفت درياچه به آن افزوده شود، اينها همه تمام مى ‏شود ولى کلمات خدا پايان نمی گیرد؛ خداوند عزيز و حکيم است.
إِنَّمَا أَمْرُهُ إِذَا أَرَادَ شَيْئًا أَنْ يَقُولَ لَهُ كُنْ فَيَكُونُ
(همانا كار خدا وقتي كه چيزي را اراده كند، اين است كه به آن چيز بگويد موجودشو پس آن چيز موجود شود)
و معلوم است كه كلام خدا مانند كلام انسان نيست بلكه همان اراده اوست كه موجودات به آن موجود مي شوند لذا هرموجودي كلمه اي است كه خدا به آن تكلم فرموده و نشانه اي است كه دلالت بروجود او ميكند و چون حضرت مسيح ولادت او طبق اسباب عادي مانند ساير انسانها نبوده و وجود او تنها بواسطه اراده الهی بدون اسباب عادي بوده از اين جهت به كلمة الله تعبير شده است.
۳- روح الله: روح در عرف لغت آن چيزي است كه مبدأ حيات است يعني نيروئي كه باعث احساس و حركت ارادي در جانداران ميشود، و گاهي برامور معنوي كه منشأ آثار نيكو و مطلوب است گفته شده
يُنَزِّلُ الْمَلآئِكَةَ بِالْرُّوحِ مِنْ أَمْرِهِ عَلَى مَن يَشَاءُ مِنْ عِبَادِهِ أَنْ أَنذِرُواْ أَنَّهُ لاَ إِلَهَ إِلاَّ أَنَاْ فَاتَّقُونِ
(خدا فرشتگان را به همراه روح كه از نسخ امر اوست بر هر كس از بندگانش بخواهد نازل مي كند)

و نيزبر آن موجودي كه در انسان دميده ميشود اطلاق شده.
ثُمَّ سَوَّاهُ وَنَفَخَ فِيهِ مِن رُّوحِهِ وَجَعَلَ لَكُمُ السَّمْعَ وَالْأَبْصَارَ وَالْأَفْئِدَةَ قَلِيلًا مَّا تَشْكُرُونَ
( سپس خلقت آدم را كامل نمود و در او از روح خود(يعني روحي كه آفريده او بود) دميد.
و به آن نيروئي كه مؤمنين را تأييد ميكند و همراه با آنهاست نيز اطلاق نموده
اُوْلَئِكَ كَتَبَ فِي قُلُوبِهِمُ الْإِيمَانَ وَأَيَّدَهُم بِرُوحٍ مِّنْهُ
(خدا اينان را ايمان در دلهايشان ثبت كرده وبواسطه روحي كه از جانب اوست مؤيّد گردانيده است.)
و به طورخلاصه روح ازنظرقرآن مخلوقي از مخلوقات خداوند است كه مستقل و داراي حيات و علم و قدرت و مراتب و درجات مختلف و متفاوت است   
و اين كه به حضرت مسيح روح الله گفته شده و در آيه شريفه فرموده
إِنَّمَا الْمَسِيحُ عِيسَى ابْنُ مَرْيَمَ رَسُولُ اللّهِ وَكَلِمَتُهُ أَلْقَاهَا إِلَى مَرْيَمَ وَرُوحٌ مِّنْهُ
(همانا مسيح يعني عيسي بن مريم فرستاده خدا و كلمه او است كه بسوي مريم افكند و روحي از طرف خداست.
براي اين است كه پيدايش و ولادت حضرت مسيح بواسطه نفخ روح بوده و همه مراحل مادّي كه براي پيدايش ديگران معمول است براي او بكار نرفته است و اضافه روح به خدا به اصطلاح اضافه تشريفي و از اين جهت است كه آفريده و مخلوق اوست مانند بيت الله نه اينكه جزء خدا و بخشي از الوهيت باشد كه در رحم مريم جسم یافته باشد چنانكه گروهي از مسيحيان مي گويند و اين اضافه روح به خدا درباره حضرت آدم در قرآن هم آمده است ميفرمايد
فَإِذَا سَوَّيْتُهُ وَنَفَخْتُ فِيهِ مِن رُّوحِي فَقَعُواْ لَهُ سَاجِدِينَ
( هنگاميكه خلقت آدم را كامل كردم و در او از روح خود دميدم براي او سجده كنيد.)
۴- فوت و بالا رفتن عيسي: در سوره نساء درباره مسیح اینطور می گوید که " وَ قَوْلِهِمْ إِنَّا قَتَلْنَا المَْسِيحَ عِيسىَ ابْنَ مَرْيَمَ رَسُولَ اللَّهِ وَ مَا قَتَلُوهُ وَ مَا صَلَبُوهُ وَ لَكِن شُبِّهَ لهَُمْ وَ إِنَّ الَّذِينَ اخْتَلَفُواْ فِيهِ لَفِى شَكٍ‏ّ مِّنْهُ مَا لهَُم بِهِ مِنْ عِلْمٍ إِلَّا اتِّبَاعَ الظَّنّ‏ِ وَ مَا قَتَلُوهُ يَقِينَا(۱۵۷) بَل رَّفَعَهُ اللَّهُ إِلَيْهِ وَ كاَنَ اللَّهُ عَزِيزًا حَكِيمًا(۱۵۸) 

(و گفتارشان كه: «ما، مسيح عيسى بن مريم، پيامبر خدا را كشتيم!» در حالى كه نه او را كشتند، و نه بر دار آويختند؛ لكن امر بر آنها مشتبه شد. و كسانى كه در مورد (قتل) او اختلاف كردند، از آن در شك هستند و علم به آن ندارند و تنها از گمان پيروى می کنند؛ و قطعاً او را نكشتند! (۱۵۷) بلكه خدا او را به سوى خود، بالا برد. و خداوند، توانا و حكيم است. (۱۵۸)

و معلوم است که حضرت مسيح كشته نشده و به دار هم زده نشده در بخشی از این آیه می گوید "بل رفعه الله" كه چون بعد از بحث به صلیب نرفتن و فوت نشدن مسیح ذکر شده به این معناست که همان خدایی که قادر مسیح را از به صلیب رفتن و کشته شدن نجات دهد می تواند او را نزد خود بالا ببرد. و این همان چیزی است که در آیه ۵۵ آل عمران می فرماید إِذْ قَالَ اللّهُ يَا عِيسَى إِنِّي مُتَوَفِّيكَ وَرَافِعُكَ إِلَيَّ

بنابر این آیه ، معلوم می شود كه حضرت مسيح هنوز زنده است چون این عبارت (رافعک / بالا بردن) درباره هیچ کدام از پیامبران الهی در قران نیامده است  

۴) چنانچه حضرت باقر(عليه السلام) در تفسير قول خداي تعالي وَإِن مِّنْ أَهْلِ الْكِتَابِ إِلاَّ لَيُؤْمِنَنَّ بِهِ قَبْلَ مَوْتِهِ وَيَوْمَ الْقِيَامَةِ يَكُونُ عَلَيْهِمْ شَهِيدًا وارد شده كه فرمود عيسي(عليه السلام) پيش از روز قيامت بدنيا فرود مي آيد پس اهل ملّت يهود و غير يهودي نمي ماند جز اين كه به او ايمان مي آورد و عيسي در پشت سر حضرت مهدي(عليه السلام) نماد مي گزارد. 

انحرافات مسيحيان از نظر قرآن
۱) الوهيت حضرت مسيح
لَّقَدْ كَفَرَ الَّذِينَ قَالُواْ إِنَّ اللَّهَ هُوَ الْمَسِيحُ ابْنُ مَرْيَمَ قُلْ فَمَن يَمْلِكُ مِنَ اللَّهِ شَيًْا إِنْ أَرَادَ أَن يُهْلِكَ الْمَسِيحَ ابْنَ مَرْيَمَ وَ أُمَّهُ وَ مَن فىِ الْأَرْضِ جَمِيعًا
( به تحقيق كافر شدند كسانيكه گفتند خدا همان مسيح پسر مريم است بگو كيست كه از قدرت خدا جلوگيري كند اگر بخواهد مسيح و مادر او و همه اهل زمين را نابود سازد.)
۲) الوهيت مسیح و مادرش
وَ إِذْ قَالَ اللَّهُ يَاعِيسىَ ابْنَ مَرْيَمَ ءَأَنتَ قُلْتَ لِلنَّاسِ اتخَِّذُونىِ وَ أُمِّىَ إِلَاهَينْ‏ِ مِن دُونِ اللَّهِ قَالَ سُبْحَانَكَ مَا يَكُونُ لىِ أَنْ أَقُولَ مَا لَيْسَ لىِ بِحَقّ‏ٍ إِن كُنتُ قُلْتُهُ فَقَدْ عَلِمْتَه‏
( و ياد كن زماني را كه خداوند گفت اي عيسي فرزند مريم آيا توگفتي مرا و مادر مرا دو معبود غير از خدا قرار دهيد، عيسي گفت خدايا تو منزهي براي من چنين حّقي نيست كه آنچه حقيقت بنا شد بگويم.)
۳) تثليت 
لَّقَدْ كَفَرَ الَّذِينَ قَالُواْ إِنَّ اللَّهَ ثَالِثُ ثَلَثَةٍ وَ مَا مِنْ إِلَاهٍ إِلَّا إِلَاهٌ وَاحِد
( محققا كافر شدند كسانيكه گفتند خدا يكي از سه تاست، و در صورتيكه معبودي نيست جز خداي يكتا.)

۴) پسر خدا خواندن او
وَقَالَتِ الْيَهُودُ عُزَيْرٌ ابْنُ اللّهِ وَقَالَتْ النَّصَارَى الْمَسِيحُ ابْنُ اللّهِ ذَلِكَ قَوْلُهُم بِأَفْوَاهِهِمْ يُضَاهِؤُونَ قَوْلَ الَّذِينَ كَفَرُواْ مِن قَبْلُ قَاتَلَهُمُ اللّهُ أَنَّى يُؤْفَكُونَ
(يهود گفتند: «عزير پسر خداست!» و نصارى کفتند: «مسيح پسر خداست!» اين سخنى است که با زبان خود مى‏گويند، که همانند گفتار کافران پيشين است؛ خدا آنان را بکشد، چگونه از حق انحراف مى‏يابند؟!)
۵)به صلیب رفتن و کشته شدن مسيح 
وَقَوْلِهِمْ إِنَّا قَتَلْنَا الْمَسِيحَ عِيسَى ابْنَ مَرْيَمَ رَسُولَ اللّهِ وَمَا قَتَلُوهُ وَمَا صَلَبُوهُ وَلَكِن شُبِّهَ لَهُمْ وَإِنَّ الَّذِينَ اخْتَلَفُواْ فِيهِ لَفِي شَكٍّ مِّنْهُ مَا لَهُم بِهِ مِنْ عِلْمٍ إِلاَّ اتِّبَاعَ الظَّنِّ وَمَا قَتَلُوهُ يَقِينًا * بَل رَّفَعَهُ اللّهُ إِلَيْهِ وَكَانَ اللّهُ عَزِيزًا حَكِيمًا
و گفتارشان که: «ما، مسيح عيسى بن مريم، پيامبر خدا را کشتيم!» در حالى که نه او را کشتند، و نه بر دار آويختند؛ لکن امر بر آنها مشتبه شد. و کسانى که در مورد (قتل) او اختلاف کردند، از آن در شک هستند و علم به آن ندارند و تنها از گمان پيروى می کنند؛ و قطعاً او را نکشتند! * بلکه خدا او را به سوى خود، بالا برد. و خداوند، توانا و حکيم است. )
۶ ) ترك دستورات انجيل وتحريف آن
وَمِنَ الَّذِينَ قَالُواْ إِنَّا نَصَارَى أَخَذْنَا مِيثَاقَهُمْ فَنَسُواْ حَظًّا مِّمَّا ذُكِّرُواْ بِهِ فَأَغْرَيْنَا بَيْنَهُمُ الْعَدَاوَةَ وَالْبَغْضَاء إِلَى يَوْمِ الْقِيَامَةِ وَسَوْفَ يُنَبِّئُهُمُ اللّهُ بِمَا كَانُواْ يَصْنَعُونَ * يَا أَهْلَ الْكِتَابِ قَدْ جَاءكُمْ رَسُولُنَا يُبَيِّنُ لَكُمْ كَثِيرًا مِّمَّا كُنتُمْ تُخْفُونَ مِنَ الْكِتَابِ وَيَعْفُو عَن كَثِيرٍ قَدْ جَاءكُم مِّنَ اللّهِ نُورٌ وَكِتَابٌ مُّبِينٌ
(از كسانيكه گفتند ما نصاري هستيم پيمان گرفتيم ولي از آنچه به آنها تذكر داده شده بهره برداري نكردند پس تا روز قيامت ميان آنها دشمني و كينه انداختيم و بزودي آنها را به آنچه كرده اند آگاه مي كنيم، اي اهل كتاب( يهود و نصاري) فرستاده ماي بسوي شما آمد تا بيان كند براي شما بسياري از چيزهائي را كه از كتاب خود پنهان كرديد و از بسياري چيزها هم صرف نظر كند.)