کليساي جماعت رباني
اين کليسا که با حمايت آمريکا در ايران شروع به کار نمود اکنون به فعال ترين گروه تبشيری مسيحی در ايران تبديل شده و ۴ شعبه فعال در ايران دارد و با ايجاد کليساهای خانگی متعدد و واريز کردن مبالغ هنگفت، کار خود را ادامه می‌دهد.

اين كليسا با سابقه‌اي حدود ۴۵ ساله، با اعضاي مسيحی تندرو، با توسل به شگردهای تبليغاتی، سعي در عضوگيری و تغيير دين جوانان مسلمان دارد و تلاش می كند تا با خشن جلوه دادن دين اسلام، مخاطبان را از اعتقادات خود بازگرداند. لازم به ذکر است که مرکزی اين کليسا روبروی درب دانشگاه تهران در خيابان طالقانی قرار دارد که تا مدّتی قبل برنامه‌های خود را در روز جمعه بلافاصله پس از اتمام نماز جمعه آعاز می کرد و به علت مراجعه بيش از ظرفيت اين برنامه را در دو سانس اجرا می نمود و در هر دو نوبت، کليسا مملو از جوانان دانشجو می شد. کشيشان اين کليسا برادر سورس سرکيسيان و برادر وارتان از سخنوران مشهور کليسا هستند نیروهای جذب شده پس از گذراندن دوره های آموزشی، برای گرفتن غسل تمعيد راهی ترکيه مي‌شوند و در صورت دلخواه مي‌توانند پناهندگی خارجی هم دريافت کنند. البته برنامه‌هاي روزهای جمعه اين كليسا هم‌اكنون تعطيل شده است.
اما گروه ديگري نيز وجود دارد با نام كليسای جيززاونلی كه منشعب از كليسای جماعت ربانی است و از سوی آنان، طرد شده‌اند. اين گروه در اعتقاد به تثليث با ساير مسيحيان تفاوت‌های الهياتی دارند و بيشتر در شهرهای شمالی فعال هستند. جيزز در زبان انگليسی به معني«عيسی» است و قيد «اونلی» به اين معني است كه اين فرقه انحرافی، مسيح را در جايگاه خدا قرار داده و بر اين باور است كه تنها مسيح همه‌چيز است و غير از او هیچ کاری نمی تواند بکند. جالب اين‌كه اين فرقه، حتي اعتقادات مسيحيان درباره تثليث (پدر، پسر، روح‌القدس) را زير سوال برده و حتي پاپ، رهبر كاتوليك‌های جهان را نيز تكفير كرده و فرد بي‌دينی مي‌نامند.

كليساي اسقفي (انگليكن)
كليساي انگليكن در بخشهای مرکزی و جنوبی ايران، خاصه در شهرهايی نظير اصفهان، شيراز، كرمان، و اهواز فعاليّت مي‌کند. ميسيونرهای اين كليسا به مسلمانان و يهوديان بشارت مي‌دادند. كليسای انگليكن در ايران به شورای كليساهای خاورميانه وابسته است و به ‌واسطه وابستگي‌اش به انگليكن‌ها، عضو شوراي جهاني كليساها می باشد. اين کليسا هم اکنون فعّالانه مشغول تبليغ است. از فعاليتهای اين کليسا مي‌توان به مسيحی کردن حدود ۳۰۰ مسلمان در شيراز در سالهای اخير اشاره نمود. دايره اسقفی اين كليسا كه فعاليت خود را از قرن نوزدهم در ايران آغاز كرده است، به خدای واحد حقيقی، پدر، پسر و روح القدس، تولد مسيح از مريم باكره، مصلوب شدن و قيام مسيح از مردگان و صعودش به آسمان و بازگشت دوباره او، روزه‌داي، لزوم پرهيز از گناه، لزوم توبه به نام عيسي مسيح و تعميد اطفال اعتقاد دارد.

شاهدان يهوه
شاهدان يهوه يك فرقه نوظهور مسيحي است كه تبليغات كلان ميلياردي دارد و روش‌هاي جذابی در تبليغ ارائه مي‌دهد. مجله برج ديدبانی، ارگان رسمی شاهدان يهوه، به ۸۰ زبان دنيا ترجمه می شود و ۳۵۰۰۰۰۰ تيراژ دارد. هم‌اكنون يكي از فعالترين گروه‌های مسيحی در ميان ايرانيان فرقة شاهدان يهوه است. اين فرقه به تثليث و به فناناپذيری روح عقيده ندارند. شاهدان یهوه درباره رستاخيز معتقدند فقط کسانی که خدا آنان را نالايق مي‌داند رستاخيز نخواهند يافت. همچنين به دوزخ آتشين عقيده ندارند، و طبقة روحانیت هم ندارند. آنها تمام قدرتهای جهان و نهادهای سیاسی را منتسب به شیطان می‌دانند.از نظر آنان، شیطان بر دنیای کنونی حکمرانی می­کند و هر حکومت، حرفه و دین سازمان­ یافته­ ای هم ­پیمان با شیطان و در مقابله با خواست و اراده یهوه است.
شاهدان یهوه معتقدند که فقط انتخاب «یهوه» است که انسان را وارد حکومت خدا می‌کند. آنان بر مبنای همین اعتقاد، خود را بخشی از حکومت الهی می‌دانند.

بابتيستها
بابتيست‌ها يا تعميدگراها از ديگر فرقه‌های مسيحي است که به آنها تعميديون نيز مي‌گويند. نام اين گروه از واژه‌ای يونانی گرفته شده و به معنای غوطه‌ور شدن در آب، که همان غسل تعميد است، مي‌باشد. اين فرقه از اصلي‌ترين مدافعان جدايی دين از سياست است. هيچ گونه سلسله مراتب مذهبي در اين فرقه ديده نمي‌شود. پيروان آنان معتقدند که بدون واسطه مي‌توان با خداوند سخن گفت و مخالف استعمال تنباکو و الکل هستند. نام اين فرقه به غسل تعميد کودکان و نوزادان اشاره دارد که در مذهب پروتستان مخالفان زيادي داشت. تعداد اعضای اين گروه مسيحی در جهان بالغ بر ۴۷ ميليون نفر است.

تعدادی از مهمترين مشترکات اعتقادی آنها را می‌توان در زير خلاصه کرد:
الف.كتاب مقدس به‌عنوان مرجع آموزه‌ها و اعتقادات و روش زندگی.
ب. محبت به همنوع
ج. ايمان به تثليث به عنوان اساس اعتقادی
د. انجام مراسم ماهانه عشای ربانی.
اين فرقه در ايران فعاليت‌های تبشيری می‌کند و بيشتر در شهر‌هاي اروميه و تهران فعاليت مي‌كنند.

پنطيكاستی ها
نهضت پنطيکاستی جريانی است در مسيحيت، که تاکيد ويژه‌ای بر نقش روح‌القدس در ايمان فرد دارد. اين نهضت در قرن بيستم بيشترين رشد را از لحاظ تعداد پيروان داشته است. اصطلاح «پنطیکالیسم» به جنبشی اطلاق می‏شود که در لس‌آنجلس آمریکا آغاز شد(۱۹۰۶) و تا آفریقا و اروپا و امریکای لاتین گسترش یافت. مشخصه اصلی این جنبش عبارت بود از شفای معنوی و سخن‌گفتن به زبانهایی که قابل فهم همگانی نیستند. همچنین از دهة ۱۹۶۰ به بعد، جنبش‌هایی شبیه به این جنبش در درون فرقه‏ انگلیکن و نیز در آیین کاتولیک رومی به ظهور رسیده است. جماعت پنطيکاستی، در صورتی به جماعت‌های اوليه مسيحيت نزديک می‌شوند که حضور روح‌القدس و اثرگذاری او را در مواردی چون گويش به زبان‌ها و نبوت و تقديس پذيرا باشند. گزارش‌های موجود در عهد جديد در مورد اثرات روح القدس، امروزه الگويی برای جماعت کليسای پنطيکاستي است. اکثريت پيروان اين نهضت معتقد به تثليث هستند، اما اقليتی از آنها نيز هستند که تثليث را نمی‌پذيرند. غسل تعميد در این کلیسا به‌عنوان تعميد ايمانی انجام می‌شود و مراسم عشای ربانی به‌ عنوان يادبود صورت می‌گيرد. بعضی از جماعت‌های پنطيکاستی در کنار غسل تعميد و عشای‌ربانی، مراسم پاشويی را نيز انجام مي‌دهند. از نظر آنان برگزيدن راه مقدس مسيحايی، با توبه و تعميد روح، که اغلب با گويش زبانها نيز همراه است، ميسر است. علاوه بر شاخه اصلی اين گروه، گروه اقليت آنها (پنطاكيستي سابليوسی) كه قائل به تثليث نيستند نيز در ايران فعّالند و حتي سايت فعال فارسي (kelisaorg.com) دارند.

كليساي انجيلي(پرزبيتري)
نخستين ميسيونرهای هيأت مرسلين آمريكايي (كليساهاي پرزبيتری و مشايخی) در سال ۱۸۳۲ به ايران آمدند. در آغاز در ميان آسوريان در اروميه كار مي‌كردند به اين اميد كه در ميان اين مسيحيان، يك بيداري پديد آورند. نتيجتاً «كليساي انجيلي» در سال ۱۸۵۵ پا به عرصه وجود گذارد. پرزبيتری ها فعاليت خود را به بخشهای شمالي ايران، در شهرهايی نظير تبريز، اورميه، تهران، رشت و مشهد محدود كردند.
در سال ۱۹۷۸، هجده كليسا و ۱۲ خادم دستگذاری شده و ۲۸۹۷ عضو در شورای كليساهای پرزبيتری ايران وجود داشت كه از آنها ۵۵% آسوري، ۲۱% ارمني، و ۲۴% يهودی و مسلمانِ مسيحی شده بودند. در آغاز، پرزبيتری ها بر حسب مناطق جغرافيايی تشكل يافتند، اما اخيراً بر حسب گروه‌های زبانی تجديد سازمان شده‌اند. همچنين پرزبيتريها مدارس مختلفي احداث كردند كه بعدها دولتي شد. اين كليسا عضو شوراي جهاني كليساها، و اتحاديه جهانی كليساهای اصلاح‌شده، و شورای كليساهای خاورميانه مي‌باشد. ايشان اقدام به ساخت بيمارستان‌های متعددی نيز کردند که بيمارستان مرسلين شيراز از کارهای ايشان است. 

كليساي ارامنه
ارمنستان نخستين حكومتي بود كه مسيحيت را رسماً به عنوان دين دولتي پذيرفت. ارمنستان كه ميان امپراطوری های ايران و روم قرار داشت، در هر مقطع زمانی در دست يكي از اين دو قدرت قرار می گرفت. تلاش ارمنی ها بر حفظ هويت ملي خود معطوف بود، و نتيجتاً فعاليت تبشيری چندانی نداشتند. در سال ۱۶۰۴، شاه عباس، پادشاه ايران، كه بر ارمنستان نيز فرمان ميراند، توده های ارمنيان را واداشت تا سرزمين خود را ترك گفته، به داخل ايران كوچ كنند. حدود ۱۲۰۰۰ نفر ازايشان در اطراف درياي خزر و در حوالي تبريز اسكان يافتند. حدود ۷۵۰۰۰ نفر نيز در جنوب زاينده رود در نزديكي اصفهان اسكان داده شدند. امروزه حدود ۳۳۷۸۰۰۰ ارمني در ارمنستان زندگي می كنند. ارامنه ارتدكس فعاليت های تبليغی چنداني ندارند ولی برخی از ايشان به پروتستان گرايش پيدا كردند و به شدت مشغول تبشير مسيحيت در ميان مسلمانان هستند. در طول سالهای ۱۶۰۰ فعاليت های ميسيونری بار ديگر احيا گشت. امروزه از ميان ۱۶۰۰۰۰ ارمنيِ ايران اكثراً هنوز وابسته به كليساي ارمني هستند كه كليسای گريگوری ناميده می شود، اما حدود ۲۰۰۰ نفر عضو كليساي كاتوليك ارمني می باشند. پس از انقلاب اسلامی ایران تصمیم‌گیری در جامعه‌ی ارامنه‌ی ایران درباره مسائل مختلف بر عهده شورای خلیفه‌گری است که به عنوان عالی‌ترین مرجع‌ رسیدگی به امور مذهبی، وظیفه نظارت بر امور فرهنگی، اجتماعی و سیاسی را بر عهده دارد. وظیفه این شورا اجرای مصوبات هیئت نمایندگان است. این هئیت تصویب لوایح و قوانین جامعه‌ی ارامنه را بر عهده دارد.

كاتوليك ها
واژة «كاتوليك» نام مذهبي خاص است كه در ميان دنياي بزرگ مسيحيت، براي تمايز با پروتستان و ارتدكس انتخاب شده است. كاتوليك‌ها به وسيلة ذكر، احترام به پاپ، انجام عشاء ربانی در شنبه، و داشتن كشيش‌هايی كه ازدواج نمي‌كنند و مواردی از اين دست، از پروتستان‌ها متمايز مي‌شوند. كليسای كاتوليك نخستين كليسايی بود كه ميسيونرها برای خدمت به جوامع مسيحيان ارمني و آسوري به ايران گسيل داشت، چرا كه با آنان از نظر عقيدتي و تشكيلاتي تشابهاتي داشت. اين كليساهای شرقی همواره با كليساي روم در تماس بودند و در حدود ۱۳۰۰ ميلادی اقليتی از ميان ايشان به روم اعلام وفاداری كردند. كاتوليك ها در فعاليت خود در ميان آشوريها توفيق بيشتری يافتند. كليسای شرق آشور حدود۱۳۵۰۰خانواده عضو دارد، و كليساي كاتوليك آشوری حدود۱۴۰۰۰ نفر عضو دارد. كاتوليك‌ها در ميان اعراب نیز فعاليت تبشيری دارند و با استفاده ازماهواره و راديو برای عرب‌زبانان و فارسی زبانان برنامه پخش مي‌كنند و كتاب و سي دی ارسال می نمایند.