فرقه های مختلف مسیحی در طول تاریخ به اندازه ای فراوان بودند که شناسایی کامل آنها نیازمند تألیف دایرۀ المعارفی تخصصی است. بسیاری از این گروه ها که گاه با نام مؤسس آن شناخته می شوند، فقط از جنبۀ مطالعات تاریخی ارزشمندند و امروزه پیروان قابل ملاحظه ای ندارند. گروه هایی چون ابیونیسم، آریانزم، سابلیانیسم و پلاگیانیسم را در لابلای کتب تاریخ می توان شناسایی کرد.
روایتی از پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله بیانگر آن است که مسیحیت قبل از اسلام به ۷۱ یا ۷۲ فرقه تقسیم شده است (محمدبن الحسین ابن بابویه، الخصال، ج ۲، ص ۵۸۴، ح ۱۰ و ص ۵۸۵، ح ۱۱ و ...) مطالعات تاریخ نشان می دهد که گروه های مسیحی بیش از تعداد ذکر شده است و در حقیقت برخی از این ۷۲ فرقه خود به شاخه های متعددی تقسیم شده اند. برای مثال، آریوسی ها پس از مرگ وی به چند گروه تقسیم شدند. به گفتۀ ویل دورانت، ایرنائوس در سال ۱۸۷ م صورتی از ۲۰ گونه مسیحیت تنظیم کرده است و استیفان در سال ۳۸۴ م از هشتاد فرقه نام می برد (ویل دورانت، تاریخ تمدن، ج ۳، ص ۷۲۰). نویسندۀ کتاب دایرۀ المعارف بستانی معتقد است که در هیچ دینی اختلاف آرای بدعت آمیز و فرقه ساز به اندازۀ مسیحیت نبوده است (پطرس بستانی، دایرۀ المعارف بستانی، ج ۲، ص ۷۸۹).
تقسیمات موجود در گروه های مسیحی به لحاظ اعتقادی، روشی، جغرافیای و اجتماعی و سیاسی قابل بررسی است. نویسندۀ کتاب مسیحیت در ایران ، تقسیم بندی جغرافیایی برخی از گروه های مسیحی را بیان کرده است: «معمولاً مورخان ، مسیحیت کلیساهای عیسوی را به دو قسمت بزرگ جداگانه تقسیم می کنند. دسته ای را کلیسای غرب می گویند و مقصودشان از این شرق و غرب، مشرق و مغرب سرزمین فلسطین و اورشلیم است. کلیسای شرق شامل آسیای صغیر و آسیای نزدیک و آسیای مرکزی و شرق دور است و کلیسای غرب، اروپای غربی. ولی در این میان چون مصر و شمال آفریقا همیشه رابطه ای با آسیا داشته اند، کلیساهای مصر و سودان و حبشه و زنگبار را هم جزو کلیسای شرق به شمار آورده اند.

کلیسای شرق شامل این تقسیمات است:

۱. کلیسای بیزانس که نخست در میان یونانیان رواج یافته و سپس در میان بعضی ملل دیگر منتشر شده است و اینک خود به پنج شعبه اصلی تقسیم می شود:

کلیسای یونانی (در میان یونیان اروپا و آسیا)

کلیسای اسلاو (در میان ملل اسلاو، یعنی روس ها و صرب ها و بلغارها)

کلیسای رومانی

کلیسای گرجی

کلیسای عرب (که عرب های یونانی زبان مصر و سوریه به آن گرویده اند.)
۲. کلیسای ارمنی که عبادات آنان به زبان گراپار (ارمنی قدیم) است و مخصوص ارمنستان بوده است (کلیسای ارمنی گریگوری مصوبات مجمع کالسدون را نپذیرفتند و بدین سبب نه در زمرۀ کاتولیک ها هستند و نه در زمرۀ ارتدوکس ها (توماس میشل، کلام مسیحی، ص ۱۶۱)، جز آن که برخی از ارمنیان در دو قرن اخیر به کلیسای کاتولیک یا پروتستان یا ارتودکس پیوسته اند.
۳. کلیسای سریانی که برخی از مردم سوریه و عراق بدان گرویده اند و زبانشان سریانی است (پیروان کلیسای سریانی در گذشته یعقوب خوانده می شدند، ولی آنان این عنوان را قبول ندارند و خود را «کلیسای ارتدوکس سریانی» می خوانند. رهبری این کلیسا را پاتریک انطاکیه بر عهده دارد. چون کلیسای یعقوبی مصوبات شورای کالسدون را نپذیرفت، با کلیساهای کاتولیک و ارتدوکس متحد نیست. (توماس میشل، کلام مسیحی، ص ۱۶۵).
۴. کلیسای کلدانی که آسوریان یا کلدانیان ساکن آذربایجان شوروی و ایران و کردستان ایران و عراق و برخی طوایف آنها که در سوریه اند و طوایف دیگری که از ایران به هند رفته اند بدان می گرویدند و زبانشان نوع مخصوصی از زبان سریانی است که آن را در ایران زبانِ آسوری یا کلدانی گویند (اغلب نسطوریان در عراق و ایران و گروه کثیری از آنان در هند ساکنند. در قرن نوزدهم گروه کثیری از نسطوریان با کلیسای کاتولیک متحد شدند و گروه کاتولیک کلدانی نام گرفتند که بخش اعظم آنان در عراق، ایران و ترکیه ساکنند (توماس میشال، مدخل الی العقیده المسیحیه، ص ۹۱) و دانشمندان نام آن را زبان سریانی کلدانی گذاشته اند.
۵. کلیسای مارونی که مردم لبنان بدان می گروند و زبانشان سریانی است.
۶. کلیسای قبطی که مخصوص مسیحیان بومی مصر و حبشه است و در مصر زبانشان قبطی (زبان مصر قدیم) یا عربی و در حبشه زبانشان گئز است.
این نکته را باید متوجه بود که تقریباً از میان این شش گروه، در دو قرن گذشته، در نتیجۀ رفت و آمد با کاتولیک ها و پروتستان ها و ارتودکس ها عده ای تغییر عقیده داده و به این سه فرقۀ اصلی گرویده اند.
فرقه ای دیگر از مسیحیان آسیا هستند که در زمان های قدیم عده شان به مراتب فراوان تر از امروز بود و اکنون روز به روز از شماره شان کاسته می شود و پیروان پیشوای مخصوصی به نام نسطوریوس (نویسندۀ کتاب جهان مسیحیت نسطوریان را ۷۰۰ هزار نفر می داند. (اینار مولند، جهان مسیحیت، ص ۵۱) هستند که در سال ۴۲۸ . م پاتریاک (لقبی است که به رهبران پنج مرکز قدیمی مسیحیت، یعنی رم، اسکندریه، انطاکیه، اورشلیم و قسطنطنیه اطلاق می شد. این رهبران بر کلیساهای همجوار سلطه داشتند.) قسطنطنیه بود. نام وی را ایرانیان نستور تلفظ می کنند و پیروانش را نستوری می گویند. کلیسای نستوری کلیسای رسمی ایران ساسانی بود. در آغاز دوره اسلامی، نستوریان با خلفای بغداد سازش بسیار داشتند و در ترجمۀ علوم از زبان های سریانی و یونانی به زبان تازی خدمات فراوان کردند. پس از استیلای تیمور در قرن هشتم هجری (۱۴ .م) کارشان از رونق افتاد و سرانجام در قرن ۱۶ میلادی و قرن دهم هجری جاثُلیق نستورریان مرکز شهر خود را به شهر موصل برد. نستوریان خود را نصرانی می نامند و اینکه در ایران از قدیم به همۀ مسیحیان، نصرانی و نصاری گفته اند از همین جاست. (سعید نفیسی، مسیحیت در ایران، ص ۹تا ۱۷، با اختصار).
اما اکثریت قریب به اتفاق مسیحیان جهان امروزه در یکی از سه شاخۀ مهم مسیحیت، یعنی کاتولیک، ارتدوکس و پروتستان جای می گیرند (در دو قرن اخیر، گروه هایی ظهور کرده اند که به هیچ یک از فرقه های سه گانه وابسته نیستند. برخی از آنها حتی تثلیث را انکار می کنند و به نام کلیسی موحدان اعلام موجودیت کرده اند). آشنایی با امتیازات سه فرقۀ مهم مسیحی در مطالعات مسیحیت شناسی از ارزش ویژه ای برخوردار است.

کاتولیک (این واژه به معنای اصلی و جامع است)
مهم ترین ویژگی کاتولیک آن است که معتقد به ریاست پاپ بر تمام جامعۀ مسیحیان و همچنین معتقد به مصونیت وی از خطا هستند. به علاوه، آنها اعتقاد به مصوبات مجامع کلیسایی کاتولیک را لازم می شمرند. آنان معتقدند که مسیح، پطرس را بر تمام کلیسای مسیحیت رهبر قرار داده و کلید ملکوت آسمان را به وی سپرده است. پطرس نیز در زمان اقامت در رم، پاپ را جانشین خود و صاحب اختیار کلیسای جامع قرار داده است.
کلیسای کاتولیک در معنای وسیع خود شامل تعداد زیادی از کلیساهای شرقی است که پاپ را عالی ترین مقام روحانی می دانند و با مقرّ روم متحدند. در عین حال، بسیاری از جنبه های شرقی خود را حفظ کرده اند. آنان را کلیساهای متحده می نامند (اینار مولند، جهان مسیحیت، ص ۱۲۲، محمدعلی فیض، تاریخ دیانت مسیح، ص ۳۹).
تحولات پروتستانی در قرن شانزدهم سبب شد که کلیسای کاتولیک در یکی از مهمترین مجامع کلیسایی که به شورای ترنت (۱۵۴۵-۱۵۶۳ .م) معروف شد، مواضع خود را در بسیاری از اصول و آموزه ها مشخص کند. این شورا اعلام کرد که حقیقت انجیل و اصول آن در کتب مکتوب و سنن نامکتوب وجود دارد. این سنن که رسولان آن را از عیسی علیه السلام شنیده اند، یا خود، آنها را تحت الهام روح القدس مقرر کرده اند، به گونه ای دقیق و خطاناپذیر به ما ملحق شده اند. بنابراین، سنن کلیسایی، خواه به ایمان مربوط باشد و خواه به قوانین کلیسایی، حقایقی هستند که مسیح بیان و یا روح القدس آنها را الهام کرده است. (تونی لین، تاریخ تفکر مسیحی، ص ۳۶۱)
امروزه اکثر مردم اسپانیا، ایتالیا، لهستان، ایرلند دارای مذهب کاتولیک هستند و این فرقه در آمریکای لاتین، آسیای جنوبی و قاره آفریقا بیش از کلیساهای دیگر گسترش یافته است.